支线任务构成了游戏世界的重要组成部分，为玩家提供了主线剧情之外的额外挑战与丰厚回报。完成这些任务不仅能获取独特的装备强化部件，如手枪瞄准器、步枪消音器以及各类专属装束，还能深入探索地图区域，解锁诸如无限潜水呼吸器之类的功能性道具，并全面提升劳拉的生存与战斗能力。这些任务目标通常在地图上以特定标记显示，利用求生本能可以高效定位闪烁的任务点。
被淹没的档案室是地热山谷区域一个具有代表性的支线古墓挑战，其核心目标是通过爆破三个雕像基座使雕像倒塌以搭建通路。该任务通常需要玩家重返地热山谷西北侧山脊开启。第一个基座的破坏相对直接，可在清理敌人后利用希腊火罐引爆。第二个基座则涉及复杂的环境操作，需要先启动闸门释放浮罐并清理航道障碍，随后使用套索箭勾住木桩以调整浮罐的漂流方向，最终引导其靠近基座后射击引爆。第三个基座的破解最具巧思，要求玩家操作一个天平机关：先将希腊火罐绑定在摇臂上，通过转动机关使其因重量下垂，再拉动另一侧恢复平衡，最终在机关回转时割断绳索，使火罐沿凹槽滚落并精准摧毁目标。成功完成这一系列解谜后，可获取无限潜水呼吸器并解锁地热山谷的完整地图。
除了精心设计的古墓挑战，游戏中还存在多种形式的支线委托。危险地带任务要求玩家清理特定区域的威胁，如摧毁圣三一的通讯设施或肃清狼穴。部分任务则注重资源的收集与递送，需要玩家在环境中寻找硬木树枝、鹿皮等指定材料。寻找迷途的信使鸟或解救被俘人员也是常见的支线内容。这些任务虽然目标各异，但普遍遵循接取任务、探索定位目标、完成目标并返回汇报以领取奖励的流程。它们散布于苏联设施、地热山谷等各个主要区域，鼓励玩家进行偏离主线的细致探索。
在进行支线探索与任务时，有效的资源管理与环境观察至关重要。建议优先收集树枝、兽皮等基础材料，用于制作箭矢和医疗包等生存必需品。面对重甲或成群的敌人时，应善用毒箭、爆炸物或环境中的悬挂物、红桶来制造优势。许多支线古墓或挑战任务的关键入口往往隐藏在不显眼处，例如被木板挡住的洞穴或需要绳索拉开的通道，因此密切留意岩壁上的白色抓握痕迹、可互动物品及求生本能的高亮提示是发现它们的关键。
