舰船被摧毁是玩家可能频繁面对的情况，但游戏提供了多种修复和补偿机制。舰船损毁后，玩家会被自动传送到最近的太空站，船船舱内物品可能掉落，但主线任务、星系任务等特定场景不会触发掉落。低等级玩家还能获得一定补偿，这些设定降低了新手期的挫败感。
修复舰船的主要方式包括使用信用点直接修理、申请军团补损或利用月卡附赠的复原协议。信用点是基础修复货币，可通过完成任务或出售矿物获取。若信用点不足，可将虫洞探索获得的箱子出售换取资金，或通过黄币购买T1战列舰图纸制作并转卖。军团补损需满足条件，通常仅对蓝色及以上品质装备或T2/T3舰船开放，需在军团战损申报界面提交申请并等待审批。
针对不同损毁原因，处理策略需区分。PVE战斗中损毁可使用复原协议或开拓者证书每日修复机会；PVP损毁则依赖军团补损或保险赔偿。保险系统能部分弥补损失，包括返还资源或货币。玩家舰船爆炸后除特定任务外均会永久消失，装备和弹药可能被攻击者获取，但角色技能、科研进度等不受影响。
