秘境与隐藏区域分散在游戏世界的各个角落，需要玩家通过探索、解谜或完成特定任务来发现并进入。著名的不羡仙梦境便位于清河地区，玩家从清河的传送点向后转身，从一扇古朴的木门进入，沿小径穿过水滩，在左侧一棵古树下找到一把神秘的刀，触摸后即可触发剧情动画并踏入该梦境。这类秘境通常与游戏内的奇遇或重要收集品紧密相连，是深度体验游戏内容的关键环节。
另一处重要的秘境鹿隐之隙位于凉州饮马隘区域，这里是强大首领天禄的藏身之处。该秘境内被描述为重峦覆雪，寒松危崖的雪景，但其入口设有谜题，玩家需要解开如倒转乾坤等机关才能成功进入。寻找并挑战天禄本身是一个隐藏任务，玩家通常需要先完成万事知发布的长生鹿仙人任务作为前置，才能触发后续的探索线索。
除了上述具有名称的特定秘境，游戏大地图中还散布着大量需要通过特殊互动或技能开启的隐藏地点。例如在清河将军祠的探索中，玩家需要使用千斤坠击碎特定石头，或利用火箭点燃藤蔓、引爆炸药桶来开辟通往宝箱的路径。在七阀坡的北盟遗址内，玩家需要点燃机关、与石像互动并推动正确的字块，最终打开瀑布后的机关才能获得奖励。这些地点虽然可能未被冠以秘境之名，但其探索过程同样充满了挑战与惊喜。
解锁部分秘境或高级能力，往往需要玩家首先掌握关键的通用技能。游戏前期的偷师机制允许玩家从特定怪物或NPC处学习太极等奇术，这些奇术是破解后续地图中障碍的必备工具。而像大轻功秘籍这类能够极大提升探索效率的奖励，则可能藏在江心船等需要精巧操作才能抵达的地点。技能的获取与秘境的探索是相辅相成的循环。
